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Confieso que soy muy maniático para guardar las cosas en su sitio: tengo un directorio para programar y, dentro de él, tengo por ejemplo un directorio con los proyectos del sublime ... y también tengo un directorio con los repositorios de git; en vez de tener el directorio .git en cada directorio de proyecto, prefiero tener todos los repositorios en un único directorio, ya que me viene mejor para copias de seguridad.

Para poder hacer esto, cuando voy a iniciar el repositorio, lo hago de la siguiente manera:

git init --separate-git-dir c:\prg\gits\proyecto

En el directorio del proyecto original se crea un fichero (no directorio) de nombre .git, que en su interior tiene una sola línea:

gitdir: /path/to/repo.git

Este fichero se puede crear manualmente, pero es más cómodo dejarle la tarea al propio git.